حدود یک ماه پس از تسخیر لانه جاسوسی توسط دانشجویان انقلابی، امام خمینی (ره) دستور تشکیل بسیج مستضعفین را صادر کرد. امام آذرماه سال 58 در سخنانی فرمودند کشوری که 20 میلیون جوان دارد، 20 میلیون تفنگدار هم باید داشته باشد.
بسیج توانست در دهه اول انقلاب نقش مهمی در مقابله با گروهک‌های ضدانقلاب و دشمن بعثی ایفا کند. در دهه‌های بعد نیز بسیج علاوه بر حوزه‌های نظامی و امنیتی، در حوزه‌های اجتماعی و فرهنگی هم نقش‌آفرین شد.

۱. بسیج علاوه بر سپاه
پس از تسخیر لانه جاسوسی تهدیدات آمریکا علیه انقلاب اسلامی آشکارتر شد. ناوگان آمریکا در خلیج ‌فارس آرایش جنگی به خود گرفت و خطر حمله آمریکا به ایران جدی شد.
امام خمینی آذر ماه سال 58 در سخنانی در جمع اعضای سپاه خطر حمله آمریکا را جدی دانست و دستور تشکیل بسیج مستضعفین را صادر کرد.

ارتش آن روزها وضعیت چندان مناسبی نداشت و بخش عمده‌ای از ارتشی‌ها در غرب کشور درگیر غائله کردستان و مقابله با کومله و دموکرات بودند.
سپاه هم اگرچه 7 ماه پیش از آن تشکیل شده بود، اما این نهاد بخش کوچکی از مردم را سازماندهی می‌کرد و وضعیت نیمه بروکراسی بر آن حاکم بود، از این رو امام دستور تشکیل بسیج را داد تا تمامی مردم در آن نقش داشته باشند و خارج از ساختارهای اداری به فعالیت بپردازند.

۲. سنگرها و مساجد
امام علاوه بر ارائه ایده بسیج، برای اجرایی کردن آن ایده هم راهکارهایی مطرح ساخت. مهمترین راهکار امام، جذب نیروهای مردمی برای عضویت در بسیج از طریق مساجد بود. این طرح امام، بسیاری از کارکردهای مساجد را هم احیا کرد.

این طرح امام، کارکرد دو سویه داشت. با این طرح، مساجد به مراکز فعالیت‌های سیاسی، اجتماعی و فرهنگی تبدیل شد و افراد رزمنده در این مراکز تجمع و تجهیز و برای اعزام به جبهه‌ها آماده شدند. از این رو ایشان فرمودند: «مساجد سنگر هستند، سنگرها را پُر کنید.»

۳.حفظ حیات بسیج
پس از پایان جنگ تحمیلی برخی مطرح می‌کردند که دیگر نیازی به بسیج نیست، اما امام خمینی در پیامی تاکید کردند که بسیج باید مانند گذشته و با قدرت و اطمینان خاطر به کار خود ادامه دهد.
ایشان همچنین در آن پیام دستور به تشکیل بسیج دانشجو و طلبه دادند و رویکردهای جدیدی را برای بسیج متصور شدند.
امام وظیفه بسیجیان در ادامه انقلاب اسلامی هم را اینگونه تشریح کردند: «باید بسیجیان جهان اسلام در فکر ایجاد حکومت بزرگ اسلامی باشند و این شدنی است؛ چرا که بسیج تنها منحصر به ایران اسلامی نیست. باید هسته‌های مقاومت را در تمامی جهان به وجود آورد و در مقابل شرق و غرب ایستاد.»
امام خمینی از ابتدای شکل‌گیری بسیج تا پایان جنگ نیز در موقعیت‌های مختلف، کارکردهای دیگری را هم برای بسیج تعریف کردند که یکی از آنان سازندگی ایران است.